O MEM tem como principal finalidade a formação permanente dos seus associados, em sistema de autoformação cooperada, bem como a animação pedagógica e a formação destinada a muitos outros professores e escolas, a partir de Núcleos Regionais e do seu Centro de Formação concebido como uma rede formadora. Paralelamente, vem desenvolvendo novas propostas de educação escolar e de formação democrática, integradas nas práticas profissionais dos seus associados que, desde 1974, são difundidas pela Revista Escola Moderna e através de múltiplas actividades públicas.

Os professores do MEM, oriundos de todos os graus de ensino, põem em prática, desde há quatro décadas, metodologias diferenciadas de trabalho pedagógico. Partilham com os seus alunos a gestão dos tempos, dos recursos e dos conteúdos escolares, para assim promoverem o envolvimento e a corresponsabilização desses alunos na própria aprendizagem, entendida como prática da sua formação para a cidadania democrática.

O MEM foi pioneiro na construção de respostas inclusivas nas escolas, fomentando a heterogeneidade das turmas como um valor educativo acrescentado, onde todos trabalham em cooperação, para combater a discriminação e promover o êxito da aprendizagem-ensino dos alunos e dos professores.