As estruturas organizativas do MEM contemplam o formalismo jurídico mas assentam numa forma de organização própria e adequada à vida em democracia, de acordo com os seguintes princípios de estruturação de acção educativa:

- os meios pedagógicos veiculam, em si, os fins democráticos da educação;
- a actividade escolar, enquanto contrato social e educativo;
- a prática democrática da organização partilhada por todos  institui-se em Conselho de Cooperação Educativa;
- os processos de trabalho escolar reproduzem os processos sociais autênticos;
- a informação partilha-se através de circuitos sistemáticos de comunicação;
- as práticas escolares darão sentido social imediato às aprendizagens dos alunos;
- os alunos intervêm ou interpelam o meio social e integram na aula “actores” comunitários como fonte de conhecimento nos seus projectos;

O MEM organiza-se em Núcleos Regionais onde os sócios reúnem para partilhar e reflectir sobre as suas práticas e para produzirem saberes e materiais de apoio didáctico-pedagógico , integrados nos seus projectos de autoformação cooperada que realizam em Grupos de Trabalho Cooperativo.

Em cada região, em Assembleia Regional, elegem uma Comissão Coordenadora do Núcleo Regional, com funções de gestão e de coordenação das tarefas a realizar, de dinamização e regulação das actividades e processos de formação e de animação pedagógica.

Mensalmente, os representantes das Comissões Coordenadoras, os representantes das Comissões permanentes especializadas (nacionais), o director do Centro de Formação e a Direcção da Associação reúnem em Conselho de Coordenação Pedagógica (CCP). Este órgão, de âmbito nacional, presidido pela Direcção, analisa e discute os assuntos da vida do MEM e delibera, de forma colegial, sobre as orientações práticas e de formação e educação.